Month: July 2005

When open source software teaching meets biology

Open source software are more and more observed (if not used) in the biological sciences field. They provide all the advantages of Open Source software, plus they bring needs for consensus on file formats, data representation and manipulation methods. I’ve just read a short article from Greg Wilson (in Nature) who is working with the Python Software Foundation “to develop a course that will teach scientists and engineers the 10% of software engineering they need to solve 90% of their problems”. Their goal is to “introduce them to some open-source tools and working practices that can reduce the amount of time they spend programming by up to 25%”. The course is already available here (Software Carpentry) … for free, of course!

Protocole non propriétaire =? absence de contrôle =? attention à l’extrème-droite

Soit je suis parano, soit j’ai raison de peu apprécier le raccourci suivant : Protocole non propriétaire = absence de contrôle = attention à l’extrême-droite …

Résumé : le Vlaams Belang, parti politique d’extrême-droite flamand / belge, émet une émission sur les ondes AM, via le système DRM (Digital Radio Mondiale, une sorte d’équivalent au DAB ou RSN), à partir de l’étranger. Cette émission de 2 heures est apparemment “captable” (“écoutable”) en Belgique, avec le récepteur ad hoc. Le problème est que cette émission / radio / parti n’a pas d’autorisation pour émettre en Belgique.

Donc, je lis cela dans la presse. Jusque là, pas de problème. Mais l’article de La Libre Belgique (Le Vlaams Belang a sa radio. Illégale?) contient les paragraphes suivant :

Mais le DRM est un système numérique universel. C’est un système «non propriétaire» en ce sens qu’il n’a pas été développé par un industriel, mais grâce aux efforts conjugués des membres d’un consortium (BBC, Europe 1, RTL, RTRN Russie, Radio Vatican…).

Cette absence de contrôle permet donc au Belang d’émettre en toute liberté, au départ d’un émetteur apparemment situé à l’est de l’Europe, probablement en Russie.

Lisant cela sans a priori, je penserais qu’un système “non propriétaire”, non développé par un industriel (mais par plusieurs) donne une absence de contrôle, permet d’émettre tout et n’importe quoi, même les pires choses. Et en voici un exemple.

Poussons le bouchons un peu plus loin, en ces temps où la “sécurité” occulte bien souvent la liberté, et renversons la logique : il faudrait donc qu’il y ait un contrôle plus poussé des émissions (pour ne pas en arriver là) et donc, il faudrait plus de système “propriétaires” qui permettent ce contrôle.

Oui mais … C’est se tromper de cible ! Ce n’est pas parce que ces gens aux idées nauséabondes émettent en DRM que le DRM est mauvais. Ils auraient pu d’ailleurs émettre dans un autre système numérique ou même en analogique (radio pirate) que la technique n’aurait toujours rien à voir. D’ailleurs, si j’ai bien compris, sachant les poursuites dont ils sont passibles en Belgique, ils émettent depuis un autre pays et ils utilisent la technique adaptée pour cela (l’analogique ne permet apparemment pas une transmission sur de si longues distances).

Ensuite, il ne faut pas mettre sur le dos de la technique des problèmes de contrôle qui ne sont pas de son ressort. Le contrôle, il doit être effectué par l’Etat (dans ce cas-ci), quelque soit la technique employée, que la technique soit “non-propriétaire” ou “propriétaire”. Naviguant dans les logiciels libres et dans ses idées de liberté depuis quelques temps, il me semble que, justement, les techniques “non-propriétaires” permettent à toute personne d’utiliser la technique comme il l’entend, d’en connaître toutes les façettes et, le cas échéant, d’appliquer la loi. A mon humble avis, il serait toujours possible à une technique d’émission “propriétaire” d’inclure un dispositif permettant de contourner la loi ou d’en empêcher son application ; étant “propriétaire”, le contrôle de ce qui serait émis serait donc dans les mains d’une seule entreprise (ou groupe d’entreprises) qui, dans une logique économique pure, ferait jouer la loi du plus offrant (en petits sous-sous).

Ainsi, si le monde “non-propriétaire” doit effectuer beaucoup d’efforts pour montrer ses avantages de liberté, d’adaptabilité, de performance, …, il faudrait qu’il puisse combattre ce genre d’idée reçue.

P.S. : ce billet a été posté dans les journaux de LinuxFr

Old house for geeks in Liege (Belgium)

My parents-in-law just came for some holidays in Belgium and they choose a nice, old-style house near Liège (Belgium), in Trooz. It’s called “Biche les prés“. It has plenty of rooms, a nice, well-kept garden, it’s clean and situated near a forest, away from the city (20 km from Liège) … and it has a computer with GNU/Linux (RedHat 9 in dual boot with MS-Windows) and an internet connection (modem). Of course, M. Spirlet won’t give you the root password 😉 but, at least, if you left your laptop at work (like I did), you can read your mail with your favorite operating system.

First thoughts about the Open2Dprot project

The Open2Dprot project is “a community effort to create an open source n-dimensional (n-D) protein expression data analysis system”. It looks very promising and has a lot of interesting thoughts about how a 2D (nD) gel analysis should be done. It has a modular approach (each step will be caried by a specific tool or “subproject”; I think this is a good thing, à-la-Unix), it’s based on an old but functional version of Gellab-II and will be using Java (for the disponibility of the proprietary-JVMs under many operating systems), R (for the stats), SVG for graphics and MySQL/PostgreSQL for storing data. They even have plans to extend the use of Open2Dprot to n dimensions, incorporating tools for microarrays, liquid chromatography, mass spectrometry. When it will be finished, it will be a cool and useful tool, from the beginning of the proteome(s) analysis to its end. And we won’t be dependent on proprietary – and costly – software from big companies anymore.

But this is the problem: “when it will be finished” … Although they have plenty of good ideas, I modestly think that they are lacking practical stuff. Some subprojects already have released files but some of the functions are not functional (I didn’t succeeded segmenting a .tiff and a .gif images with Seg2Dgel). I think that the goals are too high and too theorical to be achieved soon. Maybe it’s time to have another short, small, practical project, just for segmenting 2D gels. Later, it could perhaps be integrated in the Open2Dprot project …

Don't feed the rats! (at least not too much)

I am currently reading “The behavior of the laboratory rat” and I found a very interesting point : don’t feed your lab rats too much or they will suffer and your experiments can suffer from that too! Of course, letting them have food ad libitum is the easiest way of doing. And we may think that they will only eat what they need. But rats are greedy! Unrestricted access to food is “unnatural” and compromises the health of the rats : it may cause obesity, diabetes, tumors, it shortens the life span and reduces the cognitive performance (formation of free radicals and/or glycation reactions of sugar with proteins). On the other hand scientists showed that dietary restriction is associated with increased production of proteins enhancing neuroplasticity and increased protection against metabolic insults like BDNF.

I was really astonished by this chapter written by R.L. Gibb. But if I agree to restrict food available to my rats, how much should I give, exactly? Maybe this article from Markowska and Savonenko will help (I should find it and read it).